As vacinas são produtos muito seguros, pois são submetidas a estudos rigorosos antes de serem administradas e continuam a ser vigiadas mesmo após a sua comercialização. No entanto, como todos os medicamentos, podem ter efeitos secundários, que são geralmente ligeiros, como um pouco de dor, inchaço e vermelhidão no local da administração, alguma febre, ou erupção cutânea, dependendo do tipo de vacina.

Excecionalmente, uma vacina pode provocar reações graves em pessoas alérgicas aos seus componentes ou por outras circunstâncias. Por isso, recomenda-se a sua administração por profissionais de saúde e que se permaneça no Centro de Saúde durante 30 minutos após a vacinação.